1、珠海市南水镇查扣电动车是合规的。具体原因如下：
2、依据地方性法规禁止电动自行车上路根据《珠海经济特区道路交通安全管理条例》第十条规定，珠海全市范围内电动自行车不予注册登记、禁止上路。这一规定明确了电动自行车在珠海市的法律地位，即从源头上限制了电动自行车在珠海市道路上的合法使用。由于南水镇属于珠海市辖区，自然也受该条例的约束，所以电动自行车在南水镇同样不被允许上路。
3、明确违法处罚措施该条例第七十五条进一步规定，驾驶电动自行车在珠海经济特区范围内道路上行驶的，处2000元罚款，可扣留车辆，逾期30日不接受处理的，没收车辆。这为执法部门对违法上路电动自行车的处理提供了明确的法律依据和操作标准。当执法人员在南水镇发现有人驾驶电动自行车上路时，有权依据此条款对其进行处罚，包括扣留车辆。
4、执法部门常态化开展整治珠海公安交管部门常态化开展执法整治，严查严处违法上路行驶的电动自行车。这表明执法部门在积极履行职责，确保条例的有效实施。在南水镇，执法部门也会按照统一的要求和标准，对违法上路的电动自行车进行查处，以维护道路交通秩序和安全。
5、综上所述，基于珠海市的地方性法规以及执法部门的常态化整治行动，珠海市南水镇查扣电动车是依法依规进行的合规行为。